Кафедра инноватики и прикладной экономики образована в 2017 году в процессе приобретения университетом статуса опорного вуза. В её состав вошли специалисты с многолетним опытом преподавательской, научной и практической деятельности. Кафедра является выпускающей по следующим направлениям подготовки бакалавриата: 38.03.01 Экономика, профиль: Общий системно-экономический. 38.03.01 Экономика, профиль: Экономика бизнеса и инновации Кафедра является выпускающей по следующим направлениям подготовки магистратуры: 38.04.02 Менеджмент, профиль: Финансовый менеджмент 38.04.08 Финансы и кредит, профиль: Финансы инновационной экономики.